La historia de Basilea se remonta al siglo VI a. C. cuando los celtas se asientan a orillas del Rin. El año 44 a. C. los romanos fundan el asentamiento de Augusta Raurica (hoy Kaiseraugst) a unos 10 km aguas arriba de Basilea y por esa época construyen también una fortificación sobre la colina donde se alza hoy la Catedral.

El nombre de Basilia se menciona por primera vez en un documento de 374. Con el derrumbamiento del Imperio Romano llegan en el 450 los alemanes y en el siglo VI pasa a ser dominio de los francos. En el 740 se convierte en sede episcopal. El año 1000 es reconocida como ciudad libre dentro del Sacro Imperio Romano Germánico y en el 1501 se adhiere a la Confederación Helvética.

La posición de la ciudad sobre el Rin enfatizó su importancia: desde 1225 Basilea poseyó por muchos siglos el único puente (Mittlere Brücke) de madera sobre el río “entre el lago de Constanza y el mar”, que en 1903 se reconstruyó totalmente de piedra. En 1356, el más fuerte terremoto ocurrido desde entonces en la Europa Central, causó extensos daños en la ciudad.

A instancias del emperador alemán Enrique II y su esposa Cunegonda, comienza en 1019 la construcción en estilo gótico de la Catedral (Münster). El mencionado terremoto derribó las cuatro torres y el coro, pero solamente se reedificaron dos de ellas hasta 1500. Basilea se convirtió en el punto focal de la Cristiandad occidental durante el Concilio de Basilea n el siglo XV.

Tras la aparición de la imprenta Basilea se convirtió en un centro editorial sin censura. Fue justamente en Basilea donde se imprimieron en 1569 los ejemplares de esta Biblia, primera completamente traducida al idioma castellano de las fuentes hebreas y griegas más antiguas disponibles, conocida como “Biblia del Oso”  en referencia al dibujo de la portada, cuya interpretación es que la palabra de Dios es un verdadero alimento para el creyente.

Todavía se conservan en la Biblioteca de la Universidad de Basilea cinco ejemplares en muy buen estado, uno de ellos autografiado por Casiodoro de Reina, quien lo obsequiara en su momento a la Universidad de Basilea.

En 1833 se produce la división del cantón de Basilea en los dos semicantones Basilea-Campiña y Basilea-Ciudad, que perdura hasta la actualidad.